На блоте среднего качества с помощью одной пробы можно проследить до 10–20 полос, что в сумме для трех проб дает 30–60 маркеров. Генетические данные указывают на то, что не существует заметной кластеризации ГВР, поэтому есть основания предположить их независимое расположение. Вероятность Р того, что по крайней мере один из 45 независимо расположенных маркеров находится на генетическом расстоянии в 15% от сайта, ответственного за признак, может быть оценена с помощью алгоритма Элстона и Ланга равной приблизительно 0,33. Таким образом, при наличии соответствующей родословной этот метод позволяет успешно обнаружить сцепление.
Необходимо определить критическое значение вероятности сцепления с тем, чтобы после подсчета этой вероятности на основе предварительного анализа отпечатков можно было сделать заключение о необходимости следующей стадии – клонирования «подозрительной» полосы. В классических методах правдоподобия критическое значение лод-балла составляет 3: г=3; лод-балл, превышающий 3, рассматривается как свидетельство в пользу сцепления. Учитывая, что затраты на клонирование фрагмента достаточно велики, для перехода к этому этапу оправданным представляется требование уверенного превышения критической величины лод-балла на этапе предварительного анализа. Как же рассчитываются шансы на сцепление?
Легко получить численную оценку рекомбинации между маркерной областью и участком, ответственным за признак:
где г – количество рекомбинантов, п – общее количество возможных рекомбинаций.
Исходя из этого, обычным путем можно получить соотношение для оценки вероятности сцепления:
и
Это соотношение не учитывает поправку на использование множественных маркеров. Заметим, однако, что существуют некоторые сомнения в необходимости коррекции результатов в тех случаях, когда используется менее 100 маркеров. По мнению Отта, при увеличении количества маркеров с ростом вероятности ошибочного выявления сцепления растет и вероятность того, что хотя бы один из маркеров действительно сцеплен с изучаемым признаком, при этом последняя вероятность растет быстрее, чем первая, поэтому доля истинных сцеплений среди всех выявленных не уменьшается. Являясь математически убедительным, этот вывод противоречит интуиции. Высокий уровень ошибочных позитивных ответов на предварительном этапе сделал бы метод отпечатков малоинформативным. В связи с этим представляется целесообразным сделать условие перехода ко второй стадии анализа более строгим, подняв значение порога. В будущем при наличии более убедительной модели, описывающей эту задачу, можно было бы/его снизить.
Прочие статьи:
Влияние дарвинизма на развитие биологии
На основе дарвинизма перестраивались все отрасли биологической науки. Палеонтология стала выяснять пути развития органического мира; систематика - родственные связи и происхождение систематических групп; эмбриология - устанавливать общее ...
Масс-спектрометрический анализ смесей дейтерий меченных аминокислот
белковых гидролизатов B. methylicum.
Общие принципы изучения степени дейтерированности аминокислот при данном способе введения метки были также продемонстрированы на примере анализа сложных мультикомпонентных смесей, полученных после гидролиза белка биомассы. В качестве прим ...
Витамины молока
Витамины молока могут быть двоякого происхождения. Одни попадают в организм животного вместе с кормом, другие синтезируются в ЖКТ.
I группа – группа жирорастворимых витаминов:
А (ретинол) и провитамин А (каротин) содержится в зеленом ко ...