Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей ДНК

Статьи » Продукты рекомбинации - характеристика и манипулирование » Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей ДНК

Простота разделения сегментов ДНК путем клонирования и их последующий анализ позволили определить нуклеотидную последовательность многих ДНК. Но хотя стремление биологов к получению точных в химическом отношении данных продолжало стимулировать эти исследования, информация оказывалась бесполезной, если не были выявлены какие-то особенности этих последовательностей. На первый взгляд длинные ряды оснований кажутся совершенно загадочными и не поддающимися расшифровке. К счастью, проблему расшифровки можно решить с помощью высокоэффективных компьютерных программ и для рутинного использования имеются программы на нескольких стандартных компьютерных языках. Возможности различных программ в значительной степени перекрываются. Их можно использовать при работе как на больших компьютерах, так и на мини - и микрокомпьютерах. Вообще говоря, эти программы пригодны для поиска как структурных, так и биологических особенностей последовательностей.

а. Хранение информации о первичной структуре

Для ввода и хранения данных о последовательностях и последующего поиска, проводимого исследователем вручную или с помощью специальной аналитической программы, используются стандартные процедуры редактирования. Большинство этих процедур предусматривают также возможность коррекции хранящейся информации. Ввод данных часто осуществляют путем типирования последовательности в компьютерном терминале после прочтения и регистрации данных секвенирующего геля. Однако имеются также программы для прямого ввода исходных данных. В принципе такие программы позволяют свести к минимуму ошибки, допускаемые при неправильном считывании гелей или неточной регистрации данных. Существует два подхода к такой автоматизации. В первом случае детектор автоматически сканирует радиоавтографы и передает данные непосредственно в компьютер. Во втором данные автоматически регистрируются от сенсора, управляемого вручную. При втором подходе исследователь является арбитром при любых затруднениях.


Прочие статьи:

Место человека в системе животного мира
С биологической точки зрения, человек – один из видов млекопитающих, относящихся к отряду приматов. Современные человекообразные обезьяны – шимпанзе, горилла, орангутан, гиббоны – представляют формы, около 10 – 15 млн. лет назад уклонивш ...

Паразиты лососевых рыб, и их классификация
Антропогенное загрязнение, изменение химических, гидрологических, климатических и других абиотических и биотических факторов cреды приводят к различным нарушениям в физиологии и ослабляют резистентность организма рыб, что способствует раз ...

Роль пролактина
Гормон образуется в передней доле гипофиза и представляет собой белок с одиночной пептидной цепью. Его образование находится в обратной зависимости от содержания в гипоталамусе дофалина и образования надпочечниками гормона кортизола. Стим ...

Разделы