Изучение функций клонированных сегментов ДНК
Страница 1

Статьи » Продукты рекомбинации - характеристика и манипулирование » Изучение функций клонированных сегментов ДНК

Нередко клонирование определенных сегментов геномной ДНК, или кДНК, осуществляют с целью выяснения функций их внутриклеточных двойников.

Исходя из результатов структурного анализа клонированных последовательностей, указывающих на присутствие в них открытых рамок считывания, можно предположить, что они содержат гены. Часто удается выявить специфические промоторные последовательности и другие регуляторные элементы. Однако, чтобы подтвердить эти данные, необходимо провести прямые функциональные исследования. При этом нужно ответить на следующие вопросы:

1. Транскрибируется ли данная последовательность только в одном или нескольких типах клеток?

2. Являются ли транскриптами молекулы мРНК?

3. Влияют ли на транскрипцию изменения, происходящие в клетке?

4. Содержит ли клонированный сегмент промоторы, терминаторы или другие регуляторные сигналы, и если да, то как они работают?

5. Какова связь между структурой клонированного сегмента и структурой внутриклеточных транскриптов?

6. Могут ли транскрипты транслироваться в полипептид? Для ответа на все эти вопросы используют различные экспериментальные подходы в зависимости от того, какая именно система анализируется.

а. Характеристика внутриклеточных транскриптов, соответствующих клонированным сегментам ДНК

Говоря о любом клонированном сегменте генома, нам прежде всего необходимо ответить на вопросы, связанные с его транскрипцией in vivo. Очень важными являются также данные о структурном сходстве между клонированной кДНК и внутриклеточными родственными транскриптами. В основе соответствующих исследований лежат три метода: РНК-блоттинг, анализ с использованием специфичных к одноцепочечным ДНК нуклеаз и копирование РНК, выделенной из клеток, с помощью обратной транскриптазы. Все методы включают предварительное выделение и очистку РНК из целых клеток или специфических внутриклеточных органелл, таких, как ядро или цитоплазма. Результативность всех методов зависит от способности РНК образовывать гетеродуплексы с комплементарной клонированной ДНК.

РНК-блоттинг. Блоттинг РНК аналогичен блоттингу ДНК. Он состоит в следующем. Выделенную РНК разделяют по размерам с помощью электрофореза в агарозном геле. Обычно электрофорез проводят в условиях, способствующих денатурации РНК, чтобы свести к минимуму влияние вторичной структуры молекулы на ее электрофоретическую подвижность. Щелочные условия для этой цели не подходят ввиду лабильности фосфодиэфирных связей в молекуле РНК в этих условиях. Поэтому используют такие агенты, как глиоксаль, формальдегид или мочевину. Затем РНК переносят на иммобилизованную подложку, стараясь сохранить распределение молекул РНК. Далее используют меченую ДНК в качестве зонда для выявления на фильтре соответствующих молекул РНК. Фильтр инкубируют с ДНК в условиях, благоприятствующих гибридизации. Промыв фильтр для удаления избыточной ДНК, с помощью радиоавтографии устанавливают положение зонда, а следовательно, и положение гомологичной РНК в том геле, в котором проводился электрофорез. Таким способом выявляют продукты транскрипции клонированного сегмента ДНК. Если на параллельной дорожке этого же геля одновременно провести разделение смеси РНК или молекул одноцепочечной ДНК известного размера, то можно оценить размер транскриптов. Кроме того, РНК-блоттинг позволяет оценить количество РНК, синтезированной в клетках, из которых она получена. Метод оценки аналогичен используемому при определении числа копий ДНК на нитроцеллюлозных фильтрах. Плотность полосы на рентгеновской пленке пропорциональна количеству присутствующей гомологичной РНК. Как и ранее, желательно, чтобы меченый зонд был одноцепочечным, поскольку он не должен реассоциировать с комплементарной цепью ДНК вместо РНК.

С помощью всех этих довольно простых методов можно получить обширную информацию о функциональных свойствах клонированного сегмента ДНК. Сюда относятся не только данные о способности к транскрибированию, но и оценка числа траскриптов и ее зависимость от типа клеток или внеклеточной среды. Анализируя РНК из очищенных клеточных компонентов, можно установить, где локализуются разные транскрипты - в ядре, цитоплазме или полисомах. Часто очень важным является вопрос о полиаденилировании гомологичной РНК, поскольку полиаденилирование является характерным признаком большинства эукариотических мРНК. Разделить полиаденилированную и неполиаденилированную] РНК не составляет труда, поскольку полиаденили-рованная РНК спаривается при соответствующих условиях с poly или poly. Сами полимеры обычно фиксируют на инертной твердой подложке, что упрощает отделение несвязанной poly-PHK. Фракцию poly-PHK элюируют при денатурирующих условиях. Затем РНК из каждой фракции подвергают электрофорезу, блоттингу и

Страницы: 1 2 3


Прочие статьи:

Генетичеcкий механизм поддеpжания детеpминиpованного cоcтояния
Одна из важнейших общебиологичеcких пpоблем, pешить котоpую помогут cтволовые клетки, – генетичеcкий механизм поддеpжания детеpминиpованного cоcтояния в ходе деления клеток и выхода их в диффеpенциpовку. Вcеpьез ее поcтавил еще Э. Хадоpн ...

Неодокучаевская концепция элементарных почвообразовательных процессов
Элементарные почвообразовательный процессы (ЭПП) были выделены и обоснованы С. А. Захаровым, С. С. Неуструевым, Б. Б. Полыновым практически одновременно в 1930 г. на основе докучаевского учения о типах почвообразования. С. С. Неуструев пи ...

Серебровский Александр Сергеевич
Серебровский Александр Сергеевич (1892–1933) - родился в г. Туле, Российской империи в 1892 году. Серебровский принадлежал к группе тех ученых-биологов, которые оказали громадное влияние на развитие генетики и селекции в СССР. Исследовате ...

Разделы